尽管双证在职研究生创业教育得到了政府的高度重视和支持，也取得了一定的成效。但双证在职研究生创业教育仍然存在很多的问题。

一些高校管理层对双证在职研究生创业教育认识不够深入、普及面不广。在一些高校，创业教育的重点还是在本科生，或教育仅流于形式。在有的大学，双证在职研究生创业教育只针对极个别双证在职研究生，相当数量的双证在职研究生都没有机会接受创业教育。还有一些大学的双证在职研究生创业教育只有理论学习的内容，如《创业学》《创业教育》等选修课，但创业教育与双证在职研究生的学科专业教育严重脱节。

双证在职研究生创业教育还缺乏完善的教育理论体系。目前的这种不足主要体现在:教师在台上讲，学生被动地在台卜听，学生很少主动提出问题，久面久之学生会觉得比较枯燥;双证在职研究生所学习教材的水平参差不齐，授课时很少有结合实际的案例，没有太多的企业能给他们提供可以亲自去实践的机会，可以说学生们基本上是纸上谈兵;仍然采用开卷或闭卷的传统方式来考核学生，但这种方式导致这门课又成了应试教育，没有起到关键性地指导作用。教学管理上也与当前体系存在很多矛盾，双证在职研究生创业的教学体系内容还不系统、不完整、不成熟，目前在国内尚未达成共识等。

其实，没有问题，就没有进步。既然双证在职研究生创业教育存在着这样那样的问题，这就是我们应该努力的地方，解决问题才能促使我们的双证在职研究生创业教育更好的发展。