1、我国工程硕士专业学位教育的从试点单位开始，基本以办学层次较高的重点大学为主，它们一般主要以研究型大学为发展目标，承担着培养科研型人才的主要任务，在科研人才的培养上具有一般大学无可比拟的优势，但科研型人才与应用型人才的培养在培养目标、教学方式、教学方法、教学手段、教师资格等方面各有不同要求，不能以简单的克隆作为行之有效的方法。

2、工程硕士研究生的培养源自工程类型工学硕士研究生的培养，它与工学硕士研究生培养有很大不同，又与工学硕士研究生培养有千丝万缕的联系。在课程体系设置方面，工程硕士研究生的课程体系与工学硕士研究生既有联系，又有区别。工学硕士研究生教育强调的是研究型"人才培养，工学硕士研究生除了需要掌握本学科专业综合技能以外，还要求对专业基础理论和学科发展前沿有较深入的了解，以满足学位论文的研究型"和创新性"的要求;工程硕士研究生教育强调的是实用型"人才培养，工程硕士研究生则要求在学习和掌握本学科专业基本技能的基础上，对工程实际问题开展深入细致的工程设计或工程应用研究，直接为企业或科研院所的科研生产或产品开发服务。由于工程硕士具有明显的实践取向，主要衡量学位获得者在特定职业领域的学术水平和实践能力，职业性是工程硕士的基本属性，它既是对工科学术学位的补充，也同时必须以工科学术学位为依托，而如何在严格遵循其职业性"的本质属性前提下，同时注重学术性"要求，是工程硕士专业学位教育面临的问题。

3、工程硕士教育与职业任职资格缺乏有效衔接，使其缺乏了有力的约束机制和发展动力。

4、工程硕士的设置领域和设置规模相对偏低，而且内部无法实现和工科学术学位系统一样的逐级也可以越级地低层次向高层次跃迁。目前工程硕士专业学位教育的现状制约了我国高层次应用型人才的培养，己经成为社会普遍关注的问题，提高工程硕士教育与其培养质量是目前工程硕士教育发展的首要问题。