重庆市共有14所二本批次招生的大学参与了2016重庆二本大学排名理科，其中排名第一的是重庆医科大学，排名第二的是西南政法大学，排名第三的是重庆工商大学。
以下是重庆二本大学排名理科2016具体榜单，根据2015年理科二本录取平均分排名，包含部分专业在二本招生的一本大学。
| 重庆二本大学排名 | 学校名称 | 录取线差 | 省市分数线 | 录取平均分 |
| 1 | 重庆医科大学 | 61 | 527(第二批) | 588 |
| 2 | 西南政法大学 | 48 | 527(第二批) | 575 |
| 3 | 重庆工商大学 | 40 | 527(第二批) | 567 |
| 4 | 四川外国语大学 | 40 | 527(第二批) | 567 |
| 5 | 重庆理工大学 | 39 | 527(第二批) | 566 |
| 6 | 重庆师范大学 | 36 | 527(第二批) | 563 |
| 7 | 重庆交通大学 | 36 | 527(第二批) | 563 |
| 8 | 重庆科技学院 | 30 | 527(第二批) | 557 |
| 9 | 四川美术学院 | 27 | 527(第二批) | 554 |
| 10 | 重庆文理学院 | 23 | 527(第二批) | 550 |
| 11 | 重庆警察学院 | 22 | 527(第二批) | 549 |
| 12 | 重庆三峡学院 | 13 | 527(第二批) | 540 |
| 13 | 重庆第二师范学院 | 12 | 527(第二批) | 539 |
| 14 | 长江师范学院 | 12 | 527(第二批) | 539 |
