社会认可程度不同

由于二本和三本，在教学水平、科研能力、师资水平上已经拉开了档次，教育部把普通院校被设置为二本，民办学校被设置为三本，导致大家对于二本和三本的认可度产生了很大程度上的不同。

收费标准不同

三本院校相对于二本院校，收费会更高;二本相对稍少一些，由于近些年取消了三本院校，或者说将它归到了二本院校里，也就是目前有些省份已取消本科三批次，统一合并到本科二批次录取。

普通二本院校学费最多也就5000左右，而三本院校收费一万元左右是很平常的事情。其实，三本院校收费高也是情有可原的，毕竟三本院校，一般都是某个公办大学为了扩大学校规模，赚取一定利润而自己开办的学校，这个学校是公办大学自己办的私立学校，老师是学校自己发工资的，国家不会出款，所以，这样就决定了三本院校的收费要比一本和二本贵。

毕业证的含金量有区别

二本院校的学生在学风以及教师水平以及基础设施等方面都会得到很好的安排和配置。而相比较来说，虽然三本院校可能因为收费高基础设施建设更好，但是它本身学生的学习风气以及教师水平在一定程度上和二本院校还是有很大区别的。而且有的公司在招聘时会询问你的本科院校，有些三本院校一听就会让人知道是三本院校，毕竟大学的含金量不同，学生的素质和水平肯定会不一样。