北京协和医学院2021在全国本科院校排名第91位，强于第92名的中国地质大学(武汉)，第93名的杭州电子科技大学，第94名的广东工业大学，第95名的太原理工大学，第96名的中国政法大学。在北京排第17名，强于第18名的中国政法大学，第19名的首都师范大学，第20名的北京林业大学，第21名的中国传媒大学，第22名的对外经济贸易大学。
| 竞争力排名 | ||||
| 年份 | 全国本科排名 | 院校名称 | 省份 | 省内排名 |
| 2021 | 91 | 北京协和医学院 | 北京 | 17 |
| 2020 | 87 | 北京协和医学院 | 北京 | 17 |
| 2019 | 80 | 北京协和医学院 | 北京 | 15 |
| 2018 | 82 | 北京协和医学院 | 北京 | 17 |
| 2017 | 59 | 北京协和医学院 | 北京 | 12 |
综合实力排名（校友会版）
在全国本科院校排名第50位，在北京排第11名。
| 校友会排名 | ||||
| 年份 | 全国本科排名 | 院校名称 | 省份 | 省内排名 |
| 2020 | 50 | 北京协和医学院 | 北京 | 11 |
| 2019 | 71 | 北京协和医学院 | 北京 | 12 |
| 2018 | 56 | 北京协和医学院 | 北京 | 10 |
| 2017 | 57 | 北京协和医学院 | 北京 | 10 |
综合实力排名（软科版）
在全国本科院校排名第52位。在北京排第15名。
| 软科排名 | ||||
| 年份 | 全国本科排名 | 院校名称 | 省份 | 省内排名 |
| 2017 | 52 | 北京协和医学院 | 北京 | 15 |
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