南京中医药大学2021在全国本科院校排名第172位，强于第173名的河南理工大学，第174名的广西师范大学，第175名的四川农业大学，第176名的江苏师范大学，第177名的长春理工大学。在江苏排第19名，强于第20名的江苏师范大学，第21名的南通大学，第22名的南京艺术学院，第23名的常州大学，第24名的江苏科技大学。
| 竞争力排名 | ||||
| 年份 | 全国本科排名 | 院校名称 | 省份 | 省内排名 |
| 2021 | 172 | 南京中医药大学 | 江苏 | 19 |
| 2020 | 182 | 南京中医药大学 | 江苏 | 19 |
| 2019 | 182 | 南京中医药大学 | 江苏 | 19 |
| 2018 | 194 | 南京中医药大学 | 江苏 | 21 |
| 2017 | 181 | 南京中医药大学 | 江苏 | 19 |
综合实力排名（校友会版）
在全国本科院校排名第155位，在江苏排第18名。
| 校友会排名 | ||||
| 年份 | 全国本科排名 | 院校名称 | 省份 | 省内排名 |
| 2020 | 155 | 南京中医药大学 | 江苏 | 18 |
| 2019 | 186 | 南京中医药大学 | 江苏 | 19 |
| 2018 | 182 | 南京中医药大学 | 江苏 | 19 |
| 2017 | 191 | 南京中医药大学 | 江苏 | 20 |
综合实力排名（软科版）
在全国本科院校排名第169位，在江苏排第22名。
| 软科排名 | ||||
| 年份 | 全国本科排名 | 院校名称 | 省份 | 省内排名 |
| 2018 | 169 | 南京中医药大学 | 江苏 | 22 |
| 2017 | 202 | 南京中医药大学 | 江苏 | 23 |
