吉首大学2021在全国本科院校排名第326位，强于第327名的青岛农业大学，第328名的云南农业大学，第329名的新疆医科大学，第330名的浙江科技学院，第331名的上海对外经贸大学。在湖南排第11名，强于第12名的湖南工业大学，第13名的湖南中医药大学，第14名的湖南理工学院，第15名的湖南工商大学，第16名的湖南文理学院。

综合实力排名（校友会版）

吉首大学2021在全国本科院校排名第231位，强于第233名的北方民族大学，第233名的华北水利水电大学，第234名的湖北经济学院，第234名的河北经贸大学，第234名的沈阳化工大学。在湖南排第10名，强于第11名的湖南工商大学，第12名的湖南工业大学，第13名的湖南理工学院，第14名的衡阳师范学院，第15名的湖南文理学院。

综合实力排名（软科版）

吉首大学2021在全国本科院校排名第304位，强于第305名的景德镇陶瓷大学，第306名的广东技术师范大学，第307名的淮北师范大学，第308名的广东海洋大学，第309名的宁波工程学院。在湖南排第10名，强于第11名的湖南理工学院，第12名的长沙学院，第13名的衡阳师范学院，第14名的湖南第一师范学院，第15名的湖南文理学院。