云南农业大学2021在全国本科院校排名第328位，强于第329名的新疆医科大学，第330名的浙江科技学院，第331名的上海对外经贸大学，第332名的厦门理工学院，第333名的大连交通大学。在云南排第4名，强于第5名的云南财经大学，第6名的昆明医科大学，第7名的云南民族大学，第8名的西南林业大学，第9名的云南艺术学院。

综合实力排名（校友会版）

云南农业大学2021在全国本科院校排名第182位，强于第183名的北京建筑大学，第184名的湖南科技大学，第184名的新疆农业大学，第184名的天津理工大学，第184名的甘肃农业大学。在云南排第5名，强于第6名的云南财经大学，第7名的西南林业大学，第8名的大理大学，第9名的昆明学院，第10名的曲靖师范学院。

综合实力排名（软科版）

云南农业大学2021在全国本科院校排名第290位，强于第291名的辽宁科技大学，第292名的南宁师范大学，第293名的沈阳理工大学，第294名的内蒙古民族大学，第295名的新疆师范大学。在云南排第4名，强于第5名的西南林业大学，第6名的大理大学，第7名的曲靖师范学院，第8名的玉溪师范学院，第9名的昆明学院。