牡丹江师范学院2021在全国本科院校排名第550位，强于第551名的浙江万里学院，第552名的仲恺农业工程学院，第553名的云南中医药大学，第554名的新乡学院，第555名的陕西中医药大学。在黑龙江排第18名，强于第19名的哈尔滨体育学院，第20名的哈尔滨学院，第21名的牡丹江医学院，第22名的齐齐哈尔医学院，第23名的黑河学院。

综合实力排名（校友会版）

牡丹江师范学院2021在全国本科院校排名第400位，强于第413名的吉林农业科技学院，第413名的玉林师范学院，第413名的唐山师范学院，第413名的河北科技师范学院，第413名的长治学院。在黑龙江排第14名，强于第15名的哈尔滨学院，第16名的绥化学院，第17名的黑河学院，第18名的哈尔滨金融学院，第19名的黑龙江工业学院。

综合实力排名（软科版）

牡丹江师范学院2021在全国本科院校排名第457位，强于第459名的四川旅游学院，第460名的郑州师范学院，第461名的攀枝花学院，第461名的大庆师范学院，第463名的昆明学院。在黑龙江排第15名，强于第16名的大庆师范学院，第17名的黑河学院，第18名的绥化学院，第19名的黑龙江工业学院。