牡丹江大学有智能制造学院、建筑工程学院、医护学院、信息与电气工程学院、财会与金融学院、经贸与管理学院、动画学院、传媒与艺术学院、外语学院、继续教育学院等学院，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布的信息为准。

院系设置

智能制造学院

建筑工程学院

医护学院

信息与电气工程学院

财会与金融学院

经贸与管理学院

动画学院

传媒与艺术学院

外语学院

继续教育学院

牡丹江市卫生学校

牡丹江大学附属中等职业技术学校

思政部

体育教研部

牡丹江大学简介

牡丹江大学（Mudanjiang University），坐落在黑龙江省牡丹江市，始建于1983年，是经黑龙江省人民政府批准，教育部备案，由牡丹江市人民政府主办的一所综合类全日制普通高等专科学校。

1983年7月，黑龙江省高教局批复同意成立牡丹江大学。1984年8月，牡丹江大学与市行政干校合并。1985年8月，学校新教学楼峻工，有了自己的校舍，告别了委托办学、借地办学、联合办学的历史。1986年6月，牡丹江市政府决定将市直机关职工大学并入牡丹江大学。1991年5月，牡丹江市广播电视大学并入牡丹江大学 。2012年11月15日，牡丹江大学申请升格为应用型本科院校被黑龙江省省政府批准列入国家“十二五”计划 。2019年8月5日，牡丹江大学医护学院成立暨揭牌仪式在牡丹江市卫生学校举行，该学院的成立结束了牡丹江无医护高等专科的历史。