巢湖市位于安徽省中部，滨江近海，怀抱巢湖。以巢湖作建制命名，始于1949年6月。时设巢湖专员公署，驻巢县（今县级巢湖市），而巢湖市名则始于1984年1月。巢湖命名这里，是因为所建的县级市濒临巢湖，所治区域皆在巢湖南、北岸，在其2068.75平方公里的国土面积中，巢湖水域面积即占463.78平方公里，占全部巢湖水域的2/3。这里的人民世世代代“喝的是巢湖水，吃的是巢湖鱼”，人民的生活与巢湖密不可分；巢湖为全国五大淡水湖之一，国内外闻名，且国内尚无一座城市以湖命名。以此为新建市命名，不仅易记易传，而且特色鲜明。
2011年撤销地级巢湖市，当时的居巢区就是现在的县级巢湖市了。
巢湖之名的由来，主要说法有三
其一，起于“湖形说”。巢湖地域地壳变动可追溯至远古，地质池称，因“印支运动”而致巢湖流域地壳呈垂直断陷；“喜马拉雅”时期，巢湖进一步断陷而成断陷湖。乃至1.5万年前，大量泥沙又源源淤积于湖，以致湖面年复一年地缩小，如此日积月累，巢湖终于定形为“鸟巢形”，人们缘其形而称此为巢湖。其后，借湖之形而为一方命名，也理所当然。
其二，源于“图腾说”。自上世纪末至本世纪初，巢湖相继出土了大量文物，其中又以含山县凌家滩、居巢区放王岗汉墓为显。凌家滩出土的玉鸟，在其左偏的头上有颗硕大的圆眼，短喙下钩，尾翼扇状展开，双翼又状如两个头部向外的豕形。它似鸟而别于鸟，具有其特定的文化内涵；放王岗汉墓出土的青铜朱雀与其近旁北山头汉墓出土的朱雀踏虎玉卮，均折射出先民的内心崇拜。巢乃鸟之归宿，循此而称一方为“巢”，自然是事出有“因”。
其三，始于“有巢说”。远古时期，以渔猎为生的巢湖岸边的先祖们，为防御禽和洪水袭击，而效仿飞鸟在树上筑巢而居，这便是巢湖周边民间广为流传的“有巢氏”传说。《庄子·盗跖》云：“古者禽兽多而人民少，于是民皆巢居以避之，昼拾橡栗，暮栖木上，故名之曰有巢氏之民。”有巢氏借一方山水之利，带领先民建立了古巢国。宋代历史学家郑樵在《通志·氏族略》中所记：“有巢之后，尧时有巢父，夏商有巢国，其地在庐江（郡）。”相传到尧舜时，巢父在此留下“洗耳”的美谈。夏商所设之巢国，有的史籍称为南巢，盖因其方位在夏都之南，《尚书·仲虺之诰》则有“成汤放桀于南巢”之记载。秦始皇统一中国后，实行郡县制，于今居巢境设居巢县。巢湖周边与“巢”有关的人名或氏族名、地名、国名、县名的出现都很早，如有巢氏、巢国、南巢等。即便居巢县名的出现，也距今2200余年，且见于司马迁的《史记》。而巢湖之名最早见于《后汉书·孝明帝纪》，其中有：“永平十一年巢湖出黄金庐江太守以献”。
综合以上分析，巢湖之名，极有可能是因其周边居民筑巢而居，有巢氏出现。有巢氏或其子民在此形成部落进而建立了古巢方国。夏商时，南巢、巢（伯）国（今称古巢国）诸名已每每见于史籍，最终湖才因“巢”而名的。
