1、梃击案

梃击案是发生在明万历四十三年（1615年）的一场宫廷悬案。

当时，神宗皇后无子嗣。开始，因郑贵妃得宠，神宗想违背“立嗣以长”的祖训，册立朱常洵为太子，遭到东林党的反对，不得已只好册立朱常洛为太子。这时，有个叫张差的人，手持木棒闯入太子的居所——慈庆宫，并打伤了守门太监。张差被审时，供出是郑贵妃手下太监庞保、刘成引进的。时人怀疑郑贵妃想谋杀太子。但神宗不想追究此事。结果以疯癫之罪公开杀死了张差。又在宫中密杀了庞、刘二太监，以了此案。

经过此案郑贵妃的势力被大大削弱，神宗不得不放弃立福王为皇太子。而太子朱常洛的地位也因而稳固。

2、红丸案

是明朝万历四十八年，泰昌帝朱常洛疑似服用李可灼进献的“仙方”红丸而猝死的可疑案件。被称为明末三大案件之一。

万历四十八年七月二十一日，万历帝病死。朱常洛继位为泰昌帝。登基十天后，泰昌帝却一病不起。泰昌帝病重，鸿胪寺丞李可灼进献红丸，自称仙丹。泰昌帝服后死去，而在当天，首辅方从哲拟遗旨赏了进献红丸的李可灼。随即有人怀疑是郑贵妃唆使下毒，并展开了一系列的追查元凶的举动。其间，党争与私仇夹杂其中，连坐罪死者众矣。

三百余年来，史学家设想了种种答案，但没有一种令人信服，因此红丸一案成了千古之谜。

3、移宫案

明万历四十八年（1620年）七月，明光宗朱常洛即位，为泰昌元年，宠妃李选侍照顾皇长子朱由校迁入乾清宫。不到一个月后，光宗死于红丸案。李氏与太监魏忠贤密谋，欲居乾清宫，企图挟皇长子自重；都给事中杨涟、御史左光斗等，为防其干预朝事，逼迫李选侍移到仁寿殿哕鸾宫。此事件史称“移宫案”。其与万历朝的梃击案、泰昌朝的红丸案，并称“晚明三大疑案”。