生物医学工程大专毕业两年是在从事相关专业工作的话是可以报考二级建造师的。二级建造师报考要求工程类或工程经济类中专以上学历，生物医学工程大专学历是符合所学专业和学历要求的，只要工作年限在两年以上就可以报考了。

二级建造师报考要求：

报考级别为考全科（即参加全部3个科目考试）的报考人员，须具备工程类或工程经济类中等专科以上学历并从事建设工程项目施工管理工作满2年。

免试部分科目：

1、报考级别为免1科（即符合免试条件，可免试《建设工程施工管理》科目，只参加《建设工程法规及相关知识》和《专业工程管理与实务》2个科目考试）的报考人员，须具有工程类或工程经济类中级及以上专业技术职称或从事建设工程项目施工管理工作满15年，已取得建设行政主管部门颁发的《建筑业企业二级项目经理资质证书》。

2、报考级别为免2科（即符合免试条件，可免试《建设工程施工管理》和《建设工程法规及相关知识》科目，只参加《专业工程管理与实务》1个科目考试）的报考人员，须具有工程类或工程经济类中级及以上专业技术职称或从事建设工程项目施工管理工作满15年，已取得建设行政主管部门颁发的《建筑业企业一级项目经理资质证书》。

3、报考级别为增专业的报考人员，须已取得《中华人民共和国二级建造师执业资格证书》。

上述报名条件中有关学历或学位的要求是指经教育行政部门承认的正规学历或学位，从事建设工程项目施工管理工作年限是指取得规定学历前、后从事该项工作的时间总和，其计算截止日期为考试当年年底。