学校有32个本科专业和1个七年制本硕连读专业，涉及医学、理学、工学、管理学、文学、法学、教育学等七大学科门类。目前有全日制在校生15000余人（不含独立学院——温州医科大学仁济学院），其中博士研究生87人，硕士研究生2400余人，学历教育留学生620余人。学校已形成从本科生到硕士生、博士生及博士后，从全日制到成人教育、留学生和港澳台学生教育全方位、多层次的人才培养体系。
温州医科大学学科评估结果
| 专业名称 | 专业代码 | 专业评估 |
|---|---|---|
| 生物技术 | 071002 | B |
| 应用心理学 | 071102 | B+ |
| 生物医学工程 | 082601 | B |
| 生物制药 | 083002T | A |
| 基础医学 | 100101K | |
| 临床医学 | 100201K | B+ |
| 麻醉学 | 100202TK | B+ |
| 医学影像学 | 100203TK | B+ |
| 眼视光医学 | 100204TK | A+ |
| 精神医学 | 100205TK | B+ |
| 放射医学 | 100206TK | B |
| 儿科学 | 100207TK | B+ |
| 口腔医学 | 100301K | B |
| 预防医学 | 100401K | B |
| 中医学 | 100501K | B |
| 药学 | 100701 | B+ |
| 临床药学 | 100703TK | B |
| 中药学 | 100801 | B+ |
| 医学检验技术 | 101001 | A |
| 医学影像技术 | 101003 | A |
| 康复治疗学 | 101005 | A |
| 卫生检验与检疫 | 101007 | A |
| 听力与言语康复学 | 101008T | |
| 护理学 | 101101 | A |
| 助产学 | 101102T | A |
| 信息管理与信息系统 | 120102 | B |
| 市场营销 | 120202 | B |
| 公共事业管理 | 120401 | B+ |
| 劳动与社会保障 | 120403 | B |
| 健康服务与管理 | 120410T | |
| 眼视光技术 | 520901 |
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