学校目前具有国家重点学科点18个，北京市重点学科3个.
国家重点学科（18个）：遗传学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、免疫学、病理学与病理生理学、内科学（心血管病）、内科学（血液病）、内科学（消化系病）、内科学（内分泌与代谢病）、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、外科学（胸心科）、妇产科学、肿瘤学、麻醉学、药物化学、微生物与生化药学、药理学。
北京协和医学院学科评估结果
| 专业名称 | 专业代码 | 专业评估 |
|---|---|---|
| 临床医学 | 100201K | A+ |
| 护理学 | 101101 | A+ |
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