都是浙江省公办高职院校，在浙江省的高职院校排名中都位列前列。两所学校各有优势，具体选择哪所学校，需要根据个人的兴趣爱好和职业规划来决定。

杭州科技职业技术学院是一所理工类高职院校，其优势专业主要集中在电子信息、机械制造、建筑工程等领域。学校拥有一支高水平的师资队伍，设有10个二级学院，开设40个专业。学校还拥有一批省级以上重点实验室和工程中心，为学生的学习和实践提供了良好的条件。

浙江商业职业技术学院是一所财经类高职院校，其优势专业主要集中在会计、金融、物流等领域。学校拥有一批经验丰富的教师，设有12个二级学院，开设37个专业。学校还与多家企业开展校企合作，为学生提供就业实习机会。

从两所学校的专业设置来看，杭州科技职业技术学院更适合理工类学生，浙江商业职业技术学院更适合财经类学生。如果您对理工类专业感兴趣，那么杭州科技职业技术学院是一个不错的选择。如果您对财经类专业感兴趣，那么浙江商业职业技术学院是一个不错的选择。

当然，除了专业设置之外，学校的办学特色、师资力量、校园环境等因素也需要考虑。建议您在选择学校之前，到两所学校实地考察，了解更多信息，做出最适合自己的选择。