工程预付款的扣回方法主要有以下几种：
从每次结算工程价款中按材料比重扣抵
可以从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣。
从每次结算工程价款中，按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清。
基本公式：T=P-M/N，其中T是起扣点，即工程预付款开始扣回时的累计完成工作量金额；M是工程预付款限额；N是主要材料的占比重；P是工程的价款总额。
达到合同总价的10%后开始扣回
建设部《招标文件范本》中规定，在承包完成金额累计达到合同总价的10%后，由承包人开始向发包人还款。
发包人从每次应付给承包人的金额中扣回工程预付款，发包人至少在合同规定的完工期前三个月将工程预付款的总计金额按逐次分摊的办法扣回。
分次扣回或一次性扣回
预付款的抵扣，可选择当累计支付达到合同总价的一定比例后一次扣回或分次扣回的方式。
分次扣回时，预付款可从每一个支付期应支付给承包人的工程进度款、施工过程结算款中按比例扣回，直到扣回的金额达到合同约定的预付款金额为止。
按起扣点扣回
当工程进度款累积达到特定金额（即起扣点）时，便启动对预付款的扣回程序。
起扣点的计算公式为T=P-M/N，其中T是起扣点，即工程预付备料款开始扣回时的累计已完成工程价值；M是工程预付款数额；N是主要材料及构件所占比重；P是承包工程合同总额。
等比率扣回法
依据完成工程价值在整个合同总价中所占比重，等比例递减先前支付的预付款。
这种方法简单来说就是，你完成的那部分工程所花掉的钱占了整个总预算的多少，然后就按照这个百分数去扣回预付款。
等额扣回法
将预付款均分为每期工程款项。
每期支付时，从工程进度款中扣除一部分预付款，直到预付款全部扣回。
这些方法可以根据具体的工程情况和合同条款选择使用，以确保预付款的合理扣回，同时保障工程的顺利进行和双方的权益。
